В 2000 году окончил строительный факультет Иркутского государственного технического университета по специальности «Промышленное и гражданское строительство». В 2003 году окончил аспирантуру ЦНИИСК им. В.А. Кучеренко. Одновременно с учебой в аспирантуре начал трудовую деятельность в качестве инженера Центра исследований сейсмостойкости сооружений (ЦИСС) ЦНИИСК им. В.А. Кучеренко. В 2010 году А.А. Бубис занял должность заведующего лабораторией сейсмостойких сооружений и инновационных методов сейсмозащиты, с 2016 года и по настоящее время - заместитель руководителя ЦИСС. С 2016 года является вице-президентом Российской Ассоциации по сейсмостойкому строительству и защите от природных и техногенных воздействий.
А.А. Бубис - член Исполнительного комитета, территориальный координатор (Россия, Западная Европа, кроме стран EU) ASSISi (Anti-Seismic Systems International Society), член рабочей группы ISO TC98/SC/WG13 по сейсмоизолированным сооружениям, член Международной Ассоциации по сейсмостойкому строительству, полномочный представитель ПК 7 «Сейсмобезопасность в строительстве» ТК 465 «Строительство».
Область научных интересов: сейсмостойкое строительство, сейсмоизоляция, безопасность конструкций и сооружений.
При участии А.А. Бубиса в Российской Федерации было возведено немало уникальных зданий и сооружений, реконструированы и усилены исторические здания. Являлся ответственным исполнителем от Российской Ассоциации по сейсмостойкому строительству и защите от природных и техногенных воздействий (РАСС) при выполнении научно-исследовательских работ по Олимпийским объектам, в том числе по объекту «Российский Международный Олимпийский Университет и многофункциональный гостинично-рекреационный комплекс».
А.А. Бубис постоянный участник и докладчик на профильных международных научных конференциях и совещаниях, организатор Российской национальной конференции по сейсмостойкому строительству и сейсмическому районированию.