Окончил САИ по специальности «Архитектура промышленных зданий и сооружений» (1974). Учился в аспирантуре МАрхИ (1984–1987), защитил кандидатскую диссертацию (1987). Работал в институтах «ПромстройНИпроект» и «Свердловскгражданпроект», где прошел путь от рядового архитектора до ГАП. Старший научный сотрудник НИС САИ (1982). Главный художник города в ГлавАПУ Свердловского горисполкома (1988–1991). Создал персональную творческую мастерскую, преобразованную в проектный институт «Архстройпроект-А» (1992).
По проектам С.В. Алейникова построены десятки крупных деловых и офисных зданий, МФЦ жилых комплексов в Екатеринбурге: здание Законодательного собрания Свердловской области, Музей первого Президента РФ Б.Н.Ельцина, ДЦ «Демидов», ДЦ «Клевер парк» на ул. Ткачей, МФЦ жилых комплексов «Университетский» и др., строящихся на месте заводов ОЦМ, «Трансмаш», мукомольного комбината на ул. Челюскинцев.
Отмечен многими профессиональными наградами: медаль Союза архитекторов СССР им. А.В.Щусева, медаль Союза архитекторов (2010), Евразийская премия за вклад в архитектуру Екатеринбурга (2013), премии всероссийских фестивалей «Рука мастера» (2013, 2015), «Золотой знак», «Зодчество–2015», премия им. В. Н.Татищева и В. Г. де Геннина (2016).