А.Ш. Шамузафаров в соответствии решениями Правительства Российской Федерации был назначен:
в 1996 году Статс-секретарем – Заместителем Министра Минстроя России,
в 1997 году – первым заместителем Председателя Госстроя России,
в 1998 году – первым заместителем Министра Минземстроя России.
С ноября 1998 по июнь 1999 года был Председателем Наблюдательного совета Агентства по ипотечному жилищному кредитованию, созданного по решению Правительства Российской Федерации. С 2006 по 2008 годы – директор Департамента строительства Минрегиона России.
А.Ш. Шамузафаров с июня 1999 года до конца октября 2002 года работал председателем Госстроя России. В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 14 марта 2000 г. № 505 является Действительным государственным советником Российской Федерации 1 класса