В 1994 году окончила физический факультет Уральского государственного университета А.М. Горького. С этого же времени стала работать учителем физики в родной гимназии, где с 2003 года стала заместителем директора, а с 2008-го – директором.
В 2014 году Екатерина Сибирцева (совместно с руководителем музея истории гимназии № 9 Нелли Ворониной) стала лауреатом премии имени В.Н. Татищева и Г.В. де Геннина в номинации «За заслуги в области образования, культуры и искусства» за реализацию проекта «Музей без границ» (музей истории гимназии как ресурсный центр сетевой социально-образовательной инфраструктуры).
В 2016 году назначена начальником Департамента образования Администрации города Екатеринбурга.
9 сентября 2020 года назначена на должность Заместителя Главы Екатеринбурга по вопросам социальной политики.